A continuación dejaré los pasos para instalar un certificado en un Tomcat 8.0.14 en un sistema operativo Windows Server 2012. El certificado que yo instalé fue adquirido a Thawte. El Java es la versión JRE7.

Lo primero es abrir el cmd como administrador y añadiremos la libreria del Java para poder trabajar con sus herramientas:

> set PATH=%PATH%;C:\Program Files\Java\jre7\bin

Luego se debe generar el almacén de claves:

> keytool -genkey -alias tomcat -keyalg RSA –keystore keystore.jsk

Y a continuación se crea el archivo csr que se envía para ser firmado por la entidad certificadora:

> keytool -certreq -keyalg RSA -alias tomcat -file certreq.csr –keystore keystore.jsk

Una vez que se tenga el certificado firmado se procede a su instalación, lo primero será instalar el certificado Root:

> keytool -import -alias root -keystore keystore.jks -trustcacerts -file CertRoot.crt

Luego se instala el certificado intermedio:

> keytool -import -alias intermediate -keystore keystore.jks -trustcacerts -file CertCA.crt

Finalmente se instala el certificado firmado:

> keytool -import -alias tomcat -keystore keystore.jks -file certificat.crt

Se deber ir a la carpeta del Tomcat, dentro hay una carpeta conf donde esta toda la configuración, añadir el siguiente texto dentro del archivo server.xml

<Connector port="443" protocol="org.apache.coyote.http11.Http11NioProtocol"
           maxThreads="150" SSLEnabled="true" scheme="https" secure="true"
           clientAuth="false" sslProtocol="TLS"
           keystoreFile="C:\Program Files\Tomcat 8.0\cert\keystore.jks"
           keystorePass="changeit"/>

Reiniciar el Tomcat y acceder a https://localhost/ o localhost:443 para comprobar que funciona correctamente.

También podemos comprobar que funciona correctamente con el Openssl, para ello se debe descargar de la web oficial e instalarlo, yo utilice la versión 1.0.1j de 64bits.

Una vez instalado ir al cmd como administrador y añadir la librería del OpenSSL:

> set PATH=%PATH%;C:\OpenSSL-Win64\bin

Y añadir el archivo de configuración:

> set OPENSSL_CONF=c:\OpenSSL-Win64\bin\openssl.cfg

Para comprobar el si esta funcionado correctamente el certificado escribir:

> openssl s_client –connect ticket.lapedrera.com:443

También os recomiendo la siguientes webs una vez publicado vuestro certificado para comprobar su estado:

https://www.digicert.com/help/
https://ssltools.thawte.com/checker/views/certCheck.jsp
https://www.sslshopper.com/ssl-checker.html